18. Bioinformatics with Python: FASTQ Quality Control & Read Trimming in Python
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18. Bioinformatics with Python: FASTQ Quality Control & Read Trimming in Python
Garbage in, garbage out! If you feed low-quality sequencing data into your variant callers or GWAS pipelines, you will get false results. In this video, we tackle Next Generation Sequencing (NGS) Quality Control. We'll use Python and BioPython to scan the Phred quality scores of a FASTQ file and automatically trim off the degraded "tails" of ...
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